SUBJECT 13 er et klassisk adventurespil. Det er et portræt af et mystisk univers, der er fyldt med hemmelige skjulesteder og en række mekanismer, som spillerne skal finde, analysere og aktivere.

Du får rollen som den tilbagetrukne fysiklærer, Franklin Fargo. Han lever et ensomt og bittert liv, efter hans forlovede, Sophie, blev myrdet under et hold-up, hvor han selv var det tilsigtede mål. En morgen vågner han op i et forladt underjordisk forskningsanlæg, kun med én forbindelse til verden udenfor: en stemme, der kalder ham 'SUBJECT 13'. Hans mål er at slippe ud af sit underjordiske fangenskab og finde ud af, hvorfor han holdes fanget.

I SUBJECT 13 fører din søgen dig fra den nedlagte hemmelige base til en ukendt ø og andre steder, du skal udforske.