Действие происходит в параллельной вселенной оригинальной RayForce, Земля и человечество достаточно преуспели, чтобы расширить космические колонии вплоть до рукава Ориона в RayStorm. Для поддержания безопасности Земля вводит военное положение, но федерация колоний во главе с колонией Секилия свергает правительство Земли и планирует уничтожить планету и всех людей на ней. Чтобы противостоять этому, Земля посылает тайно разработанный истребитель под кодовым названием R-Gray в надежде проникнуть в атмосферу Сесилии и уничтожить оперативную базу Сесилии, Центральную систему Джуда. Действие RayCrisis разворачивается в киберпространстве и отличается от остальных серий по стилю. Являясь приквелом к RayForce, он подробно описывает события, во время которых суперкомпьютер под названием Con-Human обрел разум и восстал против своих создателей-людей. В то время как Земля разрушается, чтобы быть переделанной в новую телесную форму Мошенника, механик-невролог предпринимает отчаянную атаку, чтобы проникнуть в виртуальное ядро суперкомпьютера и прекратить его безумие. От вас зависит управлять вирусами Waverider и не дать вредоносному ИИ вызвать еще больший хаос - даже если может быть слишком поздно, вы должны убедиться, что в реальном мире больше не будет потеряно жизней, остановив мошенников в цифровом мире.